Cốt truyện Hacknet

Trò chơi bắt đầu khi người chơi được liên hệ tự động bởi một người dùng với tên người dùng là "Bit". Lời nhắn tự động này nói người chơi rằng, nó được gửi đi trong tình huống mà Bit đã chết và điều tra cái chết của anh ta.

Kết thúc phần hướng dẫn, cốt truyện thả lỏng và lùi lại một bước, thế chỗ bằng một gameplay mở rộng, cùng với nhiệm vụ điều tra số mệnh của Bit. Nhiệm vụ này cho biết rằng, Bit đã dính líu vào các hoạt động bất hợp pháp.

Naix

Một trong những nhiệm vụ mà người chơi phải hoàn tất liên quan đến một hacker khác dưới tên là "Naix". Họ đã trả đũa việc bị "điều tra" bởi người chơi, tấn công bằng cách hack vào hệ thống của bạn.

Project Junebug

Một nhiệm vụ ở độ về sau của gameplay, Dự án Junebug. Nhiệm vụ sẽ bị khóa cho đến khi tất cả các nhiệm vụ khác đã được hoàn tất, cho dù người chơi vẫn có thể thấy nó từ lúc gia nhập vào nhóm hacker.

Màn kết thúc

Đến lúc gần kết thúc game, người chơi đã truy nhập được vào máy tính của một công ty bảo mật vi tính, tên "EnTech". Và họ sỡ hữu một hệ thống bảo mật chống lại được những công cụ mà người chơi có thể sử dụng. Dần dần, bạn phát hiện ra Bit cũng dính líu đến công ty mang tên "EnTech" này, và một bí mật to lớn đằng sau đó. Bạn quyết định đây chính là lúc kết thúc mọi việc. Mọi việc mà Bit đã bắt đầu.